Растворы основного фуксина имеют темно-красный цвет, они применяются для окраски ядер клеток, остеоцитов в костных шлифах, эластических волокон соединительной ткани и др. При бактериологических исследованиях растворы основного фуксина на спирте, анилиновой воде или карболовой воде по Цилю применяют для окрашивания в красный цвет кислотоустойчивых бактерий а также простейших.